La catéchèse est prise en charge par la paroisse d'Annecy-le-Vieux dans laquelle de nombreux parents de l'école sont investis. Ils font le relais entre les deux structures en proposant un bulletin d'information rappelant les rendez-vous de chaque trimestre.
Une commission pastorale, réunissant les intervenants, les enseignants et les directrices, permet l'organisation de quatre célébrations par an (à la rentrée, à Noël, à Pâques et en fin d'année). Elles se déroulent à l'église Sainte Bernadette et l'église Saint Laurent sur temps scolaires et les familles qui peuvent se libérer sont les bienvenues.
Dans les classes, les temps forts du calendrier chrétien sont abordés dans un cadre culturel et religieux. L'animatrice en pastorale de l'école est formée à la méthode suisse "Godly Play" qui met en avant une approche vivante et moderne du message de l'Evangile.
Notre proposition est chétienne catholique mais plusieurs religions sont représentées au sein de l'école et nous avons le souci d'amener chaque enfant vers une réflexion spirituelle tout en respectant les confessions de chacun.